Tras la reconquista de Tudela en 1119, la tradición señala que los judíos abandonan la población regresando solo cuando Alfonso I promete varios derechos, incluido el Fuero de Nájera. Para darles mayor protección les asigna una nueva ubicación de la judería dentro de los muros del castillo.

A diferencia de la Judería Vieja, la Judería Nueva está mejor localizada, ya que se dispone de mayor documentación. En realidad, todos los documentos existentes son o hacen relación a esta judería, ya sea en lengua hebrea o cristiana.

Todos los autores están de acuerdo en situarla dentro de los muros del castillo hasta que el aumento de la población hace desbordar estos límites para situarse junto a los barrios de diferentes parroquias cristianas cercanas a la fortificación.

San Pedro, San Miguel y San Salvador son nombres de calles y plazas existentes hoy, hasta donde se piensa que llegó la población hebrea, mezclándose incluso con la población cristiana.

Solo B.Pavón (1978) apunta que la Judería Vieja no dejó de existir y ambas convivieron en el tiempo. Esta afirmación se basa en el referido documento de 1177 por el que se vende una alboleca junto a la sinagoga y al orto de Santa María, pero hay que tener en cuenta que el traslado a la Judería Nueva no comienza a hacerse efectivo hasta 1170, cuando lo ratifica Sancho VI, y 1177 es una fecha muy temprana en la que debieron coexistir las dos juderías mientras se procede al traslado y la venta de las posesiones. Todos los demás autores no defienden esta teoría.

Tras la Reconquista, los musulmanes abandonan la ciudad en el plazo de un año y se ubican en un barrio extramuros. Una gran parte de la ciudad queda despoblada a expensas de nuevos pobladores cristianos y judíos. Las excavaciones realizadas en 1997 por J.J.Bienes Calvo en el Cerro de Santa Bárbara, fechan un avance de las murallas del castillo a mediados del siglo XII, sobre un anterior espacio ocupado por viviendas. Este avance puede estar preparando los límites para albergar a la nueva judería hasta las remodelaciones del siglo XIV con Carlos III el Noble.

El aumento de la población judía y el nuevo espacio creado por las dependencias palaciegas son la causa de que se comiencen a ocupar calles cercanas a los muros del castillo, pero ya fuera de él. L Marín Royo (1978) recoge, incluso, la destrucción de una sinagoga en estas obras del siglo XIV.

Los documentos citan dos áreas dentro de la judería, conocidas como La Planilla y la Puyada de la Planilla o del Castillo. En la zona oriental de La Planilla se situaban los tejedores, muy cerca de la parroquia de San Miguel. También se citan dos sinagogas y un midrash, aunque alguna de ellas puede ser una reiteración del mismo edificio.

Tras la expulsión de los judíos de Navarra en 1498 se vuelve a despoblar esta zona y tras la anexión de Navarra a Castilla en 1522 comenzará el proceso de desmantelamiento del castillo. Quedará así una extensa área despoblada de donde se irán extrayendo materiales constructivos.

La pérdida del caserío y de la trama urbana será completa y esto se pone de manifiesto en la excesiva anchura que tiene la calle Paseo del Castillo, a la que acompaña un tipo de edificación totalmente renovada, al igual que ocurre en el extremo oeste de la calle San Miguel y en la calle Subida al Monumento.

La superficie aterrazada del castillo y sus laderas llegarán despobladas hasta la actualidad, confiriéndole un potencial histórico sin precedentes en Tudela, donde además de poder descubrir estructuras del castillo que hayan quedado ocultas tras su derribo, van a poder ser estudiadas extensas áreas de la judería sin que interfieran en la trama urbana de la ciudad.